อิญญากิ อูร์ดังการิน เกิดเมื่อวันที่ 15 มกราคม พ.ศ. 2511 ณ เมืองซูมาร์รากา แคว้นประเทศบาสก์ ประเทศสเปน เป็นบุตรของฆวน มาริอา อูร์ดังการิน เบร์ริโอโชอา (Juan María Urdangarín Berriochoa) กับแกลร์ ฟร็องซวซ ลีบาร์ต กูร์แต็ง (Claire Françoise Liebaert Courtain) บิดามีเชื้อสายบาสก์ ส่วนมารดาเป็นชาวเบลเยียมจากเมืองแอนต์เวิร์ป ซึ่งมีเชื้อสายวัลลูนและเฟลมิช เขามีพี่น้องหกคน